Das LKL BW arbeitet überwiegend projektbasiert, das heißt, es führt zu einem Thema oder einer Fragestellung zusammen mit den jeweils zuständigen Behörden Kontrollen in geeigneten Betrieben durch. Eventuell erforderliche Maßnahmen ergreift die zuständige Behörde. Aufgrund seiner Überregionalität kann das LKL BW dabei die Verhältnisse in Betrieben landesweit vergleichen. Dazu erhebt es Daten in standardisierter Form. Die Daten werden in Form eines Kontrollvermerks der zuständigen Behörde und dem Regierungspräsidium zur Verfügung gestellt.

Darüber hinaus beschäftigen sich bei länderübergreifenden Projekten die Kontrolleinheiten in unterschiedlichen Bundesländern mit einem Thema. Das Kontrollpersonal tauscht in regelmäßigen Abständen seine Erfahrungen aus. Die Ergebnisse dieser Kontrollen werden vom LKL BW für die Auswertung anonymisiert. Das federführende Bundesland fasst die Daten aller am Projekt beteiligten Bundesländer zu einem Bericht zusammen.

Die Ergebnisse aller Projekte gibt das LKL BW als Berichte für die Lebensmittel- und Futtermittelüberwachungsbehörden in Baden-Württemberg, in Fachvorträgen, bei Fortbildungen oder bei der Ausbildung des Personals der Lebensmittel- und Futtermittelüberwachung weiter. So kann auf Neuigkeiten und Veränderungen reagiert und der gesundheitliche Verbraucherschutz optimiert werden.

Das LKL BW befindet sich im Zuständigkeitsbereich des Ministeriums für Ernährung, Ländlichen Raum und Verbraucherschutz Baden-Württemberg (MLR). Das LKL BW bearbeitet sowohl einzelne anlassbezogene Projekte als auch Jahresprogramm im Auftrag des MLR. Für die fachliche Steuerung hat das Ministerium einen Beirat eingerichtet, der Empfehlungen formuliert. In diesem Beirat sind die Fachreferate des MLR, die Regierungspräsidien, die Unteren Lebensmittelüberwachungsbehörden der Stadt- und Landkreise sowie die Chemischen und Veterinäruntersuchungsämter (CVUAs).