Das LKL BW arbeitet überwiegend projektbasiert, das heißt, es führt zu einem bestimmten Thema oder einer speziellen Fragestellung zusammen mit den jeweils zuständigen Behörden Kontrollen in ausgewählten Betrieben durch. In diesem Zusammenhang auftretende eventuell erforderliche Maßnahmen ergreift die zuständige Behörde. Aufgrund seiner überregionalen Tätigkeit kann das LKL BW die Verhältnisse in Betrieben landesweit vergleichen und so zum Erfahrungsaustausch und zu einem einheitlichen Vorgehen beitragen. Dazu erhebt es Daten in standardisierter Form. Die Daten werden der zuständigen Behörde und dem jeweils übergeordneten Regierungspräsidium in Form eines Kontrollvermerks zur Verfügung gestellt.

Bei länderübergreifenden Projekten beschäftigen sich die Kontrolleinheiten in unterschiedlichen Bundesländern mit einem zuvor abgestimmten Thema. Das Kontrollpersonal tauscht in regelmäßigen Abständen seine Erfahrungen aus. Die Ergebnisse dieser Kontrollen werden vom LKL BW für die Auswertung anonymisiert. Das federführende Bundesland fasst die Daten aller am Projekt beteiligten Bundesländer zu einem Bericht zusammen.

Die Ergebnisse gibt das LKL BW den Lebensmittel- und Futtermittelüberwachungsbehörden in Baden-Württemberg im Rahmen von Fachvorträgen, Fortbildungen oder bei der Ausbildung des Personals der Lebensmittel- und Futtermittelüberwachung weiter. So kann auf Neuigkeiten und Veränderungen reagiert und der gesundheitliche Verbraucherschutz optimiert werden.

Das LKL BW befindet sich im Zuständigkeitsbereich des Ministeriums für Ländlichen Raum, Landwirtschaft und Heimat Baden-Württemberg (MLR). Das LKL BW bearbeitet sowohl einzelne anlassbezogene Projekte als auch Jahresprogramme im Auftrag des MLR. Für die fachliche Steuerung wurde ein Beirat eingerichtet, der Empfehlungen formuliert und das Jahresprogramm beschließt. In diesem Beirat sind Personen für alle Themen des LKL BW aus den betroffenen Fachreferaten des MLR, der Regierungspräsidien, der zuständigen Überwachungsbehörden der Stadt- und Landkreise sowie der Chemischen und Veterinäruntersuchungsämter (CVUAs) vertreten.