Wer eine Brauerei von innen gesehen hat, erinnert sich an glänzende Bottiche aus Edelstahl oder Kupfer und an Rohrleitungen, die den ganzen Betrieb durchziehen. Den Gerstensaft oder das Bier sieht man in einer Brauerei selten. Trotzdem ist die Einhaltung von Hygiene auch hier von großer Bedeutung. Es wird leicht übersehen, dass die klassischen Bierzutaten, insbesondere Gerste und das daraus hergestellte Malz eine attraktive Futterquelle für Nagetiere und andere Schädlinge darstellen. Deshalb müssen die Brauer, genauso wie die Bäcker, Maßnahmen ergreifen, die verhindern, dass Schädlinge in den Betrieb eindringen und sich dort vermehren.
Ist das Bier ausgereift, wird es in Flaschen oder Fässer gefüllt. Flaschen und Fässer sind häufig Mehrweg-Gebinde, die in der Brauerei sorgsam gereinigt werden müssen, bevor sie neu befüllt werden können. Die Reinigung muss gewährleisten, dass Bierreste, andere Flüssigkeiten, Fremdkörper und Reinigungsmittelreste vollständig aus den Flaschen entfernt werden, bevor neues Bier eingefüllt wird. Dieser Vorgang ist weitestgehend automatisiert und muss gerade darum von der Brauerei sorgfältig überwacht werden. Das LKL BW kontrolliert, ob alle Sicherungssysteme der Reinigung störungsfrei funktionieren. Das Brauerei-Projekt wird gemeinsam mit anderen Bundesländern durchgeführt.