Anders als die Lebensmittelüberwachung ist die Futtermittelüberwachung in Baden-Württemberg zweistufig aufgebaut:

Das Ministerium für Ernährung, Ländlichen Raum und Verbraucherschutz (MLR) ist die oberste Überwachungsbehörde und übernimmt die politischen Führungs- und Leitungsaufgaben, die Planung und Koordination auf Landesebene sowie die Festlegung landesweiter Regelungen.

Das Landeskontrollteam Lebensmittelsicherheit (LKL BW) gehört zum Landesamt für Geoinformation und Landentwicklung (LGL), das dem MLR unmittelbar nachgeordnet ist. Das LKL BW unterstützt die Futtermittelüberwachung im Rahmen von projekt- und anlassbezogenen Kontrollen

Für die Überwachung der Futtermittelbetriebe sind die vier Regierungspräsidien in Stuttgart, Karlsruhe, Freiburg und Tübingen zuständig. Die dort ansässigen Futtermittelkontrolleure kontrollieren die Betriebe vor Ort und nehmen Proben für die amtliche Untersuchung. Weiterhin nehmen die Regierungspräsidien auch im Futtermittelbereich eine Koordinierungs- und Bündelungsfunktion für ihren jeweiligen Regierungsbezirk wahr.

Die Prüfung und Analyse der Proben erfolgt am Landwirtschaftlichen Technologiezentrum Augustenberg in Karlsruhe sowie an den Chemischen und Veterinäruntersuchungsämtern (CVUAs) in Freiburg und Karlsruhe.